Objetivos:
O curso proposto tem como objetivo a introdução de lógica de programação, o ensino da linguagem da programação Python, a introdução às técnicas de análise de complexidade de algoritmos e a apresentação de algoritmos clássicos da bioinformática para estudantes que desejem ingressar na área de Bioinformática e que sejam provenientes principalmente de áreas afins das ciências biológicas.
Conteúdo:
São 4 módulos que iniciam introduzindo conceitos e definições básicos, introduzem e exercitam a lógica de programação através do ensino e prática de programação na linguagem de programação Python, bastante utilizada em bioinformática, se aprofundam com a apresentação de técnicas de análise da complexidade de algoritmos ilustradas com inúmeros exemplos práticos e culminam com a apresentação de algoritmos clássicos em bioinformática, particularmente, algoritmos para alinhamento de sequências biológicas.
O conteúdo detalhado de cada módulo é apresentado a seguir:
Módulo 1 - Introdução: definições e fundamentos sobre bioinformática, biologia computacional, ciência da computação, algoritmos, problemas, estruturas de dados, programa, linguagem de programação, compilador, componentes de um computador e sua relação com a programação, complexidade de algoritmos.
Módulo 2 - Programação: linguagem Python, Python na bioinformática, sintaxe básica de Python variáveis, tipos variáveis, operadores aritméticos, comparadores numéricos, operadores lógicos, estruturas condicionais, estruturas de repetição definidas e indefinidas, controle de laços, entrada e saída, impressão formatada, modularização de código (subrotinas e módulos), expressões regulares.
Módulo 3 - Análise da complexidade de algoritmos: funções de complexidade de algoritmos, análises de melhor caso, caso médio e pior caso, algoritmos ótimos, comportamento assintótico de funções de complexidade, dominação assintótica, notação O, classes de complexidade, diversos exemplos envolvendo, entre outros, algoritmos de pesquisa.
Módulo 4 - Algoritmos para bioinformática: conceito de paradigma em computação, programação dinâmica, exemplo do jogo das fichas, problema do turista em Manhattan, métricas de distância entre sequências (Hamming e Levenshtein), problema da máxima subsequência comum, algoritmo de needleman-wunsch, algoritmo de smith-waterman, esquemas de pontuação e matrizes de substituição, alinhamentos par-a-par, alinhamentos múltiplos, alinhamentos globais, alinhamentos locais, heurísticas.
Público-alvo:
Estudantes de graduação ou pós-graduação em áreas de ciências biológicas e afins com nenhum ou pouco conhecimento de programação.
Carga horária: O estudante deverá se dedicar aproximadamente 40 horas para assistir as aulas, ler o material e resolver os exercícios do curso.
Material didático:
Todo o material de apoio ao curso será fornecido em formato digital e consiste em:
4 livros digitais: serão disponibilizados 4 livros em formato pdf, contendo teoria e desafios (a grande maioria resolvidos) para exercícios práticos de raciocínio lógico e programação, totalizando 100 páginas.
Vídeoaulas: gravações das aulas do curso, sendo 35 aulas totalizando 430 minutos (aproximadamente 7 horas).
Slides: todas as apresentações usadas nas aulas serão disponibilizadas em formato pdf.
Website:
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Atenção!
O suporte e atendimento aos alunos estão disponíveis por meio dos seguintes canais:
E-mail: suporte.extensao@fundep.com.br
Telefone: (31) 2342-1212.
Presencial: Avenida Antônio Carlos, nº 6627, Pampulha (Praça de serviços, loja 07), BH/MG de segunda a sexta-feira, exceto feriados, de 8h às 12h e de 13h às17h.
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